De geslachtshormonen bij meisjes blijven sluimeren tot de puberteit waarna de hypothalamus, een kleine klier die zich in de basis van de hersenen bevindt, een moederhormoon aanmaakt. Dit instrueert de hypofyse om twee krachtige hormonen in de bloedstroom te brengen, namelijk het follikelstimulerend hormoon (FSH) en het luteïniserend hormoon (LH). Deze twee hormonen zijn verantwoordelijk voor de ontwikkeling en het vrijkomen van eicellen in de eierstokken.
 
In het begin van de  menstruale cyclus is de oestrogeen- en progesteronspiegel laag ten gevolge van de afstoting van het speciaal bereide baarmoederslijmvlies. Dit gebeurt wanneer de volledig gerijpte eicel niet door sperma bevrucht wordt.
 
De hypothalamus registreert deze lage niveaus en brengt de afgifte van FSH (follikelstimulerend hormoon) op gang. De functie ervan is een eicel in een eierstok te laten rijpen totdat ze vrijkomt voor bevruchting. Het stimuleert ook de productie van oestrogeen door de eierstokken. Het niveau ervan rijst gedurende de eerste helft van de cyclus en bereikt een piek rond dag 12. Dit geeft een signaal aan de hypothalamus om het hormoon LH (luteïniserend hormoon) af te geven. Tegen dag 14 veroorzaakt een sterke stijging van LH de ovulatie. Ovulatie tot menstruatie vindt plaats in de tweede helft van de cyclus – dagen 14 tot en met 28. De ruimte in de eierstok die achterblijft na de loslating van de eicel vult zich met bloed en speciale cellen waarmee een dicht weefsel gecreëerd wordt, het corpus luteum. Dit wordt nu de productieplaats voor oestrogeen en progesteron in de tweede helft van de cyclus. Er is een hoog niveau van deze hormonen nodig ter ondersteuning van een eventuele bevruchting.
 
Als de eicel niet bevrucht wordt, breekt het corpus luteum af wat een snelle daling veroorzaakt in zowel het oestrogeen- als progesteronniveau. Dit lage niveau stimuleert daarop de hypothalamus om FSH en LH af te geven waarop het proces weer helemaal van voren af aan begint.